新成立后，应国卫生部部长兼党组书记贺诚电邀，徐诵明于1950年3月赴京工作，担任卫生部医政局教育处处长，并兼任北京大学医学院病理学教授。他于1950年5月参加政务院文化教育委员会统学术名词工作委员会，和贺诚两人担任其中五个工作组之的卫生组召集人。他在工作岗位上积努力，邀请魏斋、杨崇瑞、鲁德馨、贾魁等和他起工作。他办事非常认真，总要亲自动手才觉放心。任教育处长期间，为迅速改变新建立初期医学人才严重缺乏的局面，根据1950年8月全国卫生会议确定的“面向工农兵、预为主、团结中西医”三大原则，决定实行三制的医学教育，并以中医学教育为主（其中 又以培养大量医士为主，其次是培养助产士、护士、药剂士、技术员等）。他主持组织全国30余名医学牵头，于1952年5月完成卫生中系列教材编审工作，并亲自审查由林振纲编著的《病理学（总论）》和谷镜汧编著的《病理学》。系列教材由上海华东医务生活社和在他担任人民卫生出版社社长后出版，为中医学教育奠定基础。他还担任中华人民共和国卫生部部药典编纂委员会委员兼剂量小组成员和全国二届政协委员。他学习解放区医学教育经验，借鉴苏联医学教育模式，规划全国医药院校建设发展，建立等医学教育三年制修科、医学中、在职干部进修教育制度，对教学计划、院系设置、学制规定、经费调拨、师资培养等面，制定了统的原则和具体要求，使医学教育初步形成比较完整且符我国国情的体系。他对全国医学院及西北医学院在课程改革、改进教学法、缩短修业年限、逐渐采用分科制等进行指。在北京视察各个医院，督促北京医士学校的建设。1952年初曾担任土改团长，到广东新会县参加土改，工作细致踏实，对人诚实和霭没架子，万能胶厂家和当地农民同吃、同住、同劳动，风雨阻地帮助当地成立医联组织，建立卫生制度，动工作开展。1953年4月担任人民卫生出版社任社长，和相关院校规划出版全国等医学教育教材，出版学者所写医学著，影印出版批传统中医典籍，系统组织编译出版苏联等医学院校教学用书。所译《从医学的观点看原子弹的伤害》，1956年由人民卫生出版社出版；1956年因原工资待遇和新标准的二相近，遂自愿降为二教授待遇。1956年8月任中华医学会编辑部主任兼中华医学杂志总编辑，发表微生物学汤飞凡发现沙眼衣原体等文章，为新卫生事业做出重要贡献。他对发展卫生工作有着自己的观点，在贺诚被职调离后，认为贺诚是业型，不应换成不懂业务的人做；培养中医应该以师带徒的式为主，办中医学院，可先办所进行试验，不下子就办四所；应该组织中西医进行研究，不应该所有西医都学习中医；也曾为储安平的言论辩护。这些都成为他的“罪状”，在1958年7月被定为批而不斗的“右派”，工资被降为五，职务被撤销，定为留用察看，1960年9月才被摘掉右派帽子，度过20年寂寞生活。1978年得到平反，被选为五届全国政协委员。
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